学院现有地下水科学与工程、环境科学、环境工程3个系，吉林大学水资源与环境研究所、地下能源与废物处置研究所挂靠本院。拥有教育部、国土部合作共建的地下水资源与环境重点实验室、吉林省水资源与水环境重点实验室和“地下新能源开发与地质环境修复”吉林省国际科技合作基地。
学院现有吉林大学环境影响评价中心和6个研究所，还有环境化学、环境工程、微生物、水岩作用等40多个专业实验室。
本科专业：水文与水资源工程、地下水科学与工程、环境科学、环境工程； 硕士点：水文学与水资源、地下水科学与工程、水利水电工程、环境科学、环境工程、环境管理与环境经济； 博士点：水文学与水资源、地下水科学与工程、环境科学、环境工程、环境管理与环境经济。 拥有环境科学与工程、水利工程两个一级学科博士点及博士后流动站。
师资团队：学院现有教职工103人，其中教师70名，教授33名，包括中国科学院院士1人，国家“千人计划”特聘教授1人，“长江学者”特聘教授1人，“唐敖庆”特聘教授4人；副教授20名。2012年9月，学院在校本科生877人，硕士研究生361人，博士研究生108人。
科研成果：近5年来承担了国家及省部级重大科研项目108项，包括：国家“973”计划项目课题2项，国家“863”计划重大项目课题2项，国家“863”计划项目1项，国家水体污染控制与治理科技重大专项子课题5项，国家科技支撑项目5项，国家科技部攻关项目4项，国家公益性行业（农业）科研专项1项，国家地质调查工作项目1项，国家自然科学基金项目43项。
多年来，学院在地下水的基本理论、地下水寻找及开发利用、地下水资源评价与科学管理、地下水土污染防治和修复、地质环境负效应防治、CO2温室气体地质储存等方面已形成了自己的科研优势和特色。
国际合作与学术交流：与日本、韩国、美国、英国、俄罗斯等8个国家的20余家单位建立了科研和合作关系；近年来主办或承办3次有较大影响力的国际会议。